Pada 9 Ogos 1965, apabila Singapura berpisah dari Malaysia dan menjadi negara yang berdaulat, Tun Yusof dilantik sebagai presiden pertama. Beliau sekali lagi memegang jawatan ini untuk penggal ke-3 selama empat tahun bermula 4 Disember 1967 dan sepatutnya berakhir pada 3 Disember 1971.